学校根据国家卫生改革要求和用人单位对临床医学特殊人才需求，在临床医学专业开设特色方向培养，2014年11月成立第二临床学院，2016年8月更名为第二临床医学院。

       学院现有临床医学、儿科学、医学影像学3个本科专业，其中临床医学专业设有老年医学、超声医学、眼视光医学、儿科学、心电医学、麻醉学等6个专业方向，临床医学（省属公费医学生）和临床医学专升本。临床医学专业是学校最具传统优势的本科专业之一，现为国家级一流专业，以有效期6年优异成绩通过教育部专业认证，并获得认证延期4年。2020年临床医学进入ESI全球前1%行列。儿科学为紧缺人才专业，是山东省一流专业。截至2023年6月，在校生1775人。学生在临床技能大赛、“互联网+”大学生创新创业大赛等省级以上大赛中，获得奖励90余项。

       学院下设10个教研室和3个专业实验室，有多门精品课程和数字课程，拥有200多名热爱教学、经验丰富、专业技术精湛，高学历、高职称、高水平德医双馨专兼职师资队伍，多人在国家级和省级学会担任主任委员、副主任委员、常务委员，近几年，主持完成10多项省部级课题，获得市级以上奖励30余项。学院现有济宁医学院附属医院、附属金乡医院、济宁市第三人民医院、日照市中心医院等10余所教学实习医院。

       学院立足新时代，坚持守正创新，秉承“明德、仁爱、博学、至善”校训，不断深化教育教学改革，积极推进新医科建设，着力培养医德高尚、医术精湛的高素质应用型临床医学人才。